Após uma formação em botânica na Universidade Paris 6 e um doutorado e uma tese de Estado sobre as caatingas do sudeste do Piauí, L. Emperaire ingressou no Orstom (atual IRD) em 1988. Seus primeiros trabalhos na Amazônia brasileira concentraram-se na viabilidade da exploração de recursos florestais extrativistas, como a seringueira, a piaçava, o pau-rosa, entre outros.
Uma segunda fase de suas pesquisas focou na diversidade das plantas cultivadas, em contexto indígena na região do Rio Negro (Amazonas) e entre os seringueiros do alto Juruá (Acre). Seu objetivo era compreender as dinâmicas dessa agrobiodiversidade e suas articulações com outros domínios da vida social e produtiva, como a alimentação, a cultura material e o território. A agrobiodiversidade foi analisada como uma produção cultural, e não apenas como um recurso. O conjunto dessas pesquisas levou ao reconhecimento do sistema agrícola tradicional do Rio Negro como patrimônio cultural imaterial do Brasil. A articulação entre pesquisa e políticas públicas também se concretizou com a participação na identificação da Terra Indígena Jurubaxi-Téa, declarada em 2017.

Pesquisas voltadas para essa mesma problemática — a de reconhecer a importância das formas tradicionais de conhecimento e gestão dos vegetais por populações tradicionais, diante de uma modernidade que remodela essas configurações — foram realizadas em Timor-Leste, na ilha de Atauro.

Outra fase de seus trabalhos, desenvolvida em parceria com a Fiocruz, insere-se no campo da ecoepidemiologia e abordou as relações entre paisagens vegetais e a dispersão dos Triatominae, vetores da doença de Chagas, em várias regiões do Nordeste.

O conjunto das pesquisas realizadas no Brasil insere-se na cooperação bilateral do CNPq, com parcerias com o INPA, o ISA, a Fiocruz e, posteriormente, a UNICAMP. Desde 2022, ela é pesquisadora emérita do IRD.